何度もやってるのにいつも迷うので、まとめます。
コアサーバで設定を行うときによくわからなくなる原因の一つが、サーバ側の設定の際にコアサーバ管理画面(新コンパネはオレンジの画面)とバリュードメイン管理画面(一番上に黒いバーの管理画面)での設定が必要になるためだと思っています。

1.コアサーバ管理画面にログイン

「ドメイン設定」>「ドメイン設定の新規作成」よりドメイン名(FQDN)を入力し、新規作成。以下のような表示になります。


ドメイン設定後、「サイト設定」>「サイト設定の新規作成」よりドメインをサイトと紐づけます。

2.バリュードメイン管理画面にて無料ネームサーバ作成

バリュードメインのコンパネにログインし、無料ネームサーバ > ドメインのDNS設定>を表示し、該当ドメインの「編集」または「無料ネームサーバーの作成」をクリックします。


すると該当ドメインのDNS設定ページになるので、赤枠の「選択してください」で、自分が使用しているコアサーバのホストを選択します。IPなどの情報が勝手に入力されるので、そのまま「保存」します。

3.お名前ドットコム管理画面にてネームサーバ設定

お名前ドットコムにログインし、ネームサーバの設定 > ネームサーバの変更より該当のドメインを選択します。「他のネームサーバーを利用」のタブを選択すると、最初はお名前ドットコムのネームサーバが入力されていると思うので、バリュードメインのものに変更します。「確認画面へ進む」で保存したら完了です。

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ns1.value-domain.com
ns2.value-domain.com
ns3.value-domain.com
ns4.value-domain.com
ns5.value-domain.com
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私の場合、このあと30分かからないくらいでアクセスできましたが、ちゃんと設定できていても環境によって異なるので、24~72時間時間は様子をみる必要があるかもしれません。
設定がうまくいくと、コアサーバのドメイン設定 > 該当ドメインの以下の箇所にIPやDNS設定の情報が表示されるようになります。