今回、下記のような利用状況で、エラーが起きました。
設定は、通常通りにムームードメイン側でさくらサーバーのネームサーバ―を指定していました。

設定状況

表示されたエラーは下記の通りです。

サブドメイン(www.[ドメイン名])のIPアドレスが利用中のサーバーと異なるIPアドレスに設定されているため無料SSL機能はご利用いただけません。

そこで参考とした記事はこちらです。

ムームードメイン側での設定

ドメイン操作 > ムームーDNS > [ムームーＤＮＳのセットアップ情報変更]にて変更を押下します。
そして、[設定２]の箇所で、AレコードにさくらサーバーのIPアドレスを記載します。 これでしばらく時間をおいたところ、Let’s Encyptでのエラーがなくなり、設定ができるようになりました。
※証明書を一度削除してやりなおすこともポイントです。
サブドメインを利用していて、エラーが出ている場合は試してみてください。